В Отчете группировка выполняется по номенклатуре, можно увидеть итоговое количество в 1С, в Меркурий, и какое есть отклонение по данной номенклатуре. Также есть детализация по датам выработки и кодом партии. 

Сопоставляются данные по указанным полям, это является ключевыми полями для сопоставления (для сверки остатков).

Также есть "Настройки сверки", где можно включить "Учитывать Артикул", "Учитывать GTIN", "Учитывать Дату выработки ДО". В Меркурии есть диапазон дат, и в некоторых случаях потребуется сверять и по ним.

В Отчете можно выделить как всю номенклатуру, как отдельные записи.

По данной строке нет расхождения, потому что остаток в Меркурии совпадает с остатком в 1С.

По данной строке расхождение есть, потому что остаток в Меркурии не совпадает с остатком в 1С, поэтому есть отклонение.

По данной строке ситуация такая, что в 1С товара нет, а в Меркурии есть, поэтому будет отрицательное расхождение.