Для того, чтобы сопоставить фактические остатки с теми, что есть в АСП.Склад WMS, надо открыть инвентаризацию(если уже была создана и есть фактические остатки), или же создать инвентаризацию.

  В документе есть кнопка "Корректировка остатков", нажимаем на нее и далее нажимаем "Создать оприходование по фактическим остаткам".

   При нажатии создается документ "Оприходование" с переносом количества факта. Надо нажать "Провести и закрыть" в оприходовании и инвентаризации, тогда остатки применятся.