Для работы необходимо установить в настройках галочку "Контролировать остаточный срок годности номенклатуры". Также можно посмотреть описание этой настройки нажав на вопросик

В номенклатуре есть параметры "Запас срока" и "Остаточный срок годности".

Настраиваются для каждого элемента. Может заполняться групповым вариантом. 

При сканировании ШК в МП в документах склада берется срок годности, если срок годности не установлен, берется дата выработки и рассчитывается срок годности на основании срока жизни товара установленного в карточке номенклатуры.